自2003年爆發的嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）引發了需要加強和擴展公立醫院系統中的感染控制設施，以應對可能的流行病暴發。當時，大家認為通過急診醫院，而配備專門的專用感染控制設施，可以更有效地應對疫情。最終決定於瑪嘉烈醫院興建一所新傳染病中心，專門為傳染病患者提供治療。

該中心有8層病房樓層，提供110張隔離床，每層可容納12至14間獨立病房。中心可容納82間單人病房和14張雙人病房，並有連接獨立廁所/淋浴設施和前廳。在110張隔離床中，有16張被指定為重症監護病房（ICU）病床。該中心還提供了全面的傳染病治療設施，包括：（a）帶有相關設施的程序室； （b）放射診斷成像設施，包括計算機斷層掃描儀套件； （c）具有高度安全標本處理，安全等級3的臨床實驗室，用作收集和分配的生物實驗； （d）工作人員感染防䘖設施，包括更衣室，淋浴設施和緊急淋浴； （e）衛生防護中心（CHP）感染控制處辦公室。

該中心高17層，佔地58m x 22m，倚著陡峭石坡而建。因山勢原因，中心的入口可由位於山腳的地下層或山腰的四樓進入。運送材料和收集垃圾的車輛通過坡道頂部的葵涌醫院道，而通過救護車運送病人的途徑是通過坡道腳下的瑪嘉烈醫院道。為方便醫院日常運作和輸送物資，該中心另接一條新的行人天橋，連接著瑪嘉烈醫院的E / F座。

中心的設計不僅受場地限制，而且有嚴格的感染控制要求，尤其要將醫院平日運作有的清潔區（冷區）與骯髒區（熱區）分開。在中心的長形平面的兩端，設有兩個中樞核心，稱為清潔核心和骯髒核心，每個中樞核心設有走火樓梯及四部升降機，這個區分可令運作流程中不會有交叉感染的發生。醫務人員進入大樓後，先到2樓更衣室穿上醫護人員制服，然後通過清潔核心進入隔離病房樓層。在進出病房時，醫護人員分別在該樓層的更衣室，再加穿或缷下那樓層指定的個人防護裝備。下班後，他們將骯髒區的中樞核心，返回2樓更衣室的骯髒區，缷下骯髒衣服，進行清潔/淋浴及更衣。

為了控制疾病在空氣中傳播，中心配備了以下特殊系統/設施，（a）從冷區到熱區的定向氣流； （b）氣流由冷區單方向流向熱區； （c）供應病房100％的新鮮空氣，並保持每小時最少轉氣12次； （d）空氣處理設備，包括HEPA過濾器，空氣淨化器和紫外線消毒器； （e）馬桶污垢物消毒系統； （f）病房出入口用自動空氣密封門； （g）自動感應水龍頭和自動沖水馬桶

該中心在考慮到能源消耗和節約問題上，如南北立面有通風窗戶，以接收自然光，而面向東西兩邊則放置中樞核心用作遮擋陽光直射。此外，外牆採用雙層玻璃幕牆加入隔熱裝置，以減低吸入太陽熱能。大樓的其他可持續性設備包括：（a）裝有不消耗臭氧的製冷劑的冷氣機組； （b）熱能回收冷卻裝凝器； （c）佔用率感應器； （d）T5照明光管； （e）預製機電及風喉組件。